A pesquisa em redes tem se destacado como uma forma importante de organização dos trabalhos em genômica. Dois projetos conduzidos recentemente no Brasil – um sobre a Moniliophthora (ex Crinipellis) perniciosa, agente causador da doença vassoura de bruxa em cacau, e outro sobre o seqüenciamento do eucalipto – possibilitam essa afirmação. Este artigo analisa a dinâmica e o funcionamento dessas redes de pesquisa e sua importância como geradoras de conhecimento e inovações, evidenciando as diferenças na concepção, evolução e integração entre atores. Os resultados obtidos apontam o impacto positivo dessas ações (sem desconsiderar os riscos inerentes) e fornecem elementos para a implementação de políticas públicas para o desenvolvimento de arranjos cooperativos em áreas estratégicas.