Publicações eletrônicas, apesar dos avanços das Tecnologias da Informação, são ainda calcados no modelo impresso. O formato textual impede que programas possam ser usados para o processamento “semântico” desses conteúdos. È porposto um modelo “semântico” de publicações cientificas eletrônicas, no qual as conclusões contidas no texto do artigo fornecidas por autores e representadas em formato “inteligível” por programas, permitindo recuperação semântica, identificação de indícios de novas descobertas científicas e de incoerências sobre este conhecimento. O modelo se baseia nos conceitos de estrutura profunda, ou semântica, da linguagem (CHOMSKY, 1975), de microestrutura, macroestrutura e superestrutura, (KINTSH, VAN DIJK, 1972), na estrutura retórica de artigos científicos (HUTCHINS, 1977), (GROSS, 1990) e nos elementos de metodologia cientifica, como problema, questão, objetivo, hipótese, experimento e conclusão. Resulta da análise de 89 artigos biomédicos. Foi desenvolvido um protótipo de sistema que implementa parcialmente o modelo. Questionários foram usados com autores para embasar o desenvolvimento do protótipo. O protótipo foi testando com pesquisadores-autores. Foram identificados quatro padrões de raciocínio e encadeamento dos elementos semânticos em artigos científicos. O modelo de conteúdo foi implementado como uma ontologia computacional. Foi desenvolvido e avaliado um protótipo de uma interface web de submissão artigos pelos autores a um sistema eletrônico de publicação de periódicos que implementa o modelo.