O movimento de Arquivos Abertos através do protocolo OAI-PMH tem facilitado a criação de federações de bibliotecas digitais que permitem ampla agregação de produção científica, criando condições para a construção de importantes bases de dados para pesquisa bibliométrica, cientométrica, análise de redes sociais e outros modos de análise. Como um meio privilegiado para avaliação e identificação de padrões de produção da informação em diferentes comunidades científicas, as bibliotecas digitais federadas podem ser utilizadas como fontes de dados para pesquisa científica. A construção dessas bases de dados envolve diversos passos iniciando pelo modo com que a informação deve ser estruturada pelas bibliotecas locais, a forma como deve ser compartilhada em um ambiente de rede e sintetizada de modo a garantir visualizações integradas da informação. Questões relevantes sobre a qualidade dos metadados também são abordadas do ponto de vista metodológico e do modo como impactam as possibilidades de análise científica. Apresentamos neste artigo os fundamentos de como essa arquitetura de informação foi aplicada na construção do portal Univerciencia.org, com foco específico na produção científica da área da Ciências da Comunicação, bem como a tecnologia utilizada, as formas de estruturação e tratamento dos metadados, além dos primeiros resultados da análise de dados coletados e sua qualidade.