Requisitos para um sistema de apoio a gestão da informação de biobancos e biorrepositórios

Isabel Cristina Pacheco da Nóbrega; Vera Maria Benjamim Werneck; Leonardo Lima Marinho; Rosa Maria Esteves Moreira da Costa

doi:10.18225/ci.inf.v49i2.5012

Autores/as

Isabel Cristina Pacheco da Nóbrega Instituto Nacional de Cardiologia - INC - Ministério da Saúde https://orcid.org/0000-0002-1872-6120
Vera Maria Benjamim Werneck Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ https://orcid.org/0000-0002-6537-2441
Leonardo Lima Marinho Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ.
Rosa Maria Esteves Moreira da Costa Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ https://orcid.org/0000-0001-6165-1649

DOI:

https://doi.org/10.18225/ci.inf.v49i2.5012

Palabras clave:

Bancos de amostras biológicas, Gestão da informação, Sistema de informação, Pesquisa biomédica

Resumen

Os avanços técnicos e científicos observados na última década na área da saúde têm levado ao aumento
no número de projetos de pesquisa básica, translacional e clínica. Em geral, essas pesquisas necessitam de
biobancos e biorrepositórios para o armazenamento adequado de amostras biológicas e dados associados.
O objetivo deste artigo é definir e consolidar os requisitos para um sistema de apoio à gestão da informação
de biobancos e biorrepositórios, para fins de pesquisa. Esses requisitos foram identificados com base nas
publicações sobre a gestão das informações de biobancos e biorrepositórios oriundas de uma revisão
da literatura. Os requisitos foram consolidados a partir da definição de cenários de uso e da avaliação
realizada por profissionais com experiência na área da pesquisa científica em saúde, que trabalham direta
ou indiretamente com biobancos e biorrepositórios. Os resultados apontaram que os requisitos do software
suprem as expectativas desses pesquisadores.

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Biografía del autor/a

Isabel Cristina Pacheco da Nóbrega, Instituto Nacional de Cardiologia - INC - Ministério da Saúde

Mestrado profissional em Telemedicina e Telessaúde pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)
– RJ - Brasil. Bióloga e Gerente de dados do Instituto Nacional de Cardiologia (INC) - Ministério da Saúde
(MS) - Rio de Janeiro, RJ - Brasil.
Vera Maria Benjamim Werneck, Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ

Pós-Doutorado pela York University (YorkU) - Canadá. Doutora em Engenharia de Sistemas e
Computação pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) - Brasil. Professora da Universidade do
Estado do Rio de Janeiro (UERJ) - Rio de Janeiro, RJ - Brasil.
Leonardo Lima Marinho, Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ.

Mestrando em Ciências Computacionais pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) - Rio de
Janeiro, RJ - Brasil. Graduado em Ciência da Computação pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro
(UERJ) - Brasil.
Rosa Maria Esteves Moreira da Costa, Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ). Rio de Janeiro. RJ

Doutora em Engenharia de Sistemas e Computação pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ)
– RJ - Brasil. Professora da Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ) - Rio de Janeiro, RJ - Brasil.

Referencias

REFERÊNCIAS

BAKER, M. Biorepositories: Building better biobanks. Nature, v. 486, n. 7401, p. 141–146,6 jun. 2012. Disponível em: http://www.nature.com/nature/journal/v486/n7401/pdf/486141a.pdf. Acesso em 26 out.2017.

BENDOU, H. et al. Baobab Laboratory Information Management System: Development of an Open-Source Laboratory Information Management System for Biobanking. Biopreservation and Biobanking, v. 15, n. 2, p. 116–120, abr. 2017. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5397207/pdf/bio.2017.0014.pdf. Acesso em: 26 out.2017.

BRASIL: Ministério da Saúde. Conselho Nacional de Saúde – Resolução CNS Nº 441, DE 12 DE MAIO DE 2011. Diário Oficial União. 18 de julho de 2011; Seção 1:60-61.

Disponível em: http://conselho.saude.gov.br/resolucoes/2011/Reso441.pdf. Acesso em: 14 jul 2017

BRASIL: Ministério da Saúde. Portaria Nº 2.201, de 14 de Setembro de 2011- Diretrizes Nacionais para Biorrepositório e Biobanco de Material Biológico Humano com Finalidade de Pesquisa. Diário Oficial União. 15 de setembro de 2011 Seção 1:40-42. Set. 2011. Disponível em:http://bvsms.saude.gov.br/bvs/saudelegis/gm/2011/prt2201_14_09_2011.html . Acesso em: 14 Jul. 2017

CAMPOS, F.; SANTOS, R.; SANTOS, F. A importância da pesquisa científica na formação profissional dos alunos do curso de educação física do UNILESTEMG. MOVIMENTUM - Revista Digital de Educação Física - Ipatinga: Unileste-MG - V.4 - N.2 – Dez. 2009.Disponível em: https://www.unilestemg.br/movimentum/Artigos_V4N2_em_pdf/Campos_Santos_Santos_Movimentum_v4_n.2_2_2009.pdf Acesso em: 20 Jan. 2018

CASSIMIRO, M.; BAVARESCO, A.; SOARES, A. Filosofia, Saúde e Bioética no Instituto Oswaldo Cruz: novos desafios do século XXI . (Orgs.) - Porto Alegre, RS: Editora Fi, 198 p. 2016. Disponível em::http://media.wix.com/ugd/48d206_365d6ba4703f48edb0f9b013cf74f05b.pdf . Acesso em: 10 jul. 2017.

DOWST, H. et al. Acquire: an open-source comprehensive cancer biobanking system.

Bioinformatics (Oxford, England), v. 31, n. 10, p. 1655–1662, 15 maio 2015. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4426840/pdf/btv012.pdf Acesso em 26

Out. 2017.

EDER, J.; GOTTWEIS, H.; ZATLOUKAL, K. IT solutions for privacy protection in

biobanking. Public Health Genomics, v. 15, n. 5, p. 254–262, 2012. Disponível em:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22722689 Acesso em 26 out. 2017.

ELLIS, H. et al. Consensus-Driven Development of a Terminology for Biobanking, the Duke Experience. Biopreservation and Biobanking, v. 15, n. 2, p. 126–133, abr. 2017. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5397220/pdf/bio.2016.0092.pdf Acesso em 26 out.2017.

EUROPEAN COMMISSION. Biobanks for Europe - A challenge for

governance. Directorate-General for Research and Innovation Science in society –

Disponível em: https://www.coe.int/t/dg3/healthbioethic/Activities/10_Biobanks/biobanks_for_Europe.pdf Acesso em: 14 jul. 2017

FRANCO, L. Da bancada ao leito: a partir de um diagnóstico preciso para o tratamento adequado. O uso crescente da pesquisa translacional. Conscientize Saúde, V.8, n 4, p 545-547, 2009. Disponível em: http://www.redalyc.org/pdf/929/92912706001.pdf Acesso em: 14 mar. 2018.

GASKELL, G. et al. Publics and biobanks: Pan-European diversity and the challenge of

responsible innovation. European journal of human genetics: EJHG, v. 21, n. 1, p. 14–20,jan. 2013. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3522201/ Acesso em: 26 out.2017.

GONÇALVES, A. A.; PITASSI, C.; JR, V. M. DE A. The case of Inca´s National Tumor Bank Management System in Brazil. Journal of Information Systems and Technology Management, v. 11, n. 3, p. 549–568, 6 dez. 2014. Disponível em: http://www.scielo.br/pdf/jistm/v11n3/1807-1775-jistm-11-3-0549.pdf. Acesso em: 26 out.2017.

GOSTEV, M. et al. SAIL--a software system for sample and phenotype availability across biobanks and cohorts. Bioinformatics (Oxford, England), v. 27, n. 4, p. 589–591, 15 fev. 2011. Disponível em: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq693 Acesso em: 26 out.2017

GRIZZLE, W. E. et al. Quality Management of Biorepositories. Biopreservation and

Biobanking, v. 13, n. 3, p. 183–194, 1 jun. 2015. Disponível em:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4559203/ Acesso em 26 out.2017.

GUERRA, J. M. et al. Biorrepositórios e Biobancos: inovação estratégica em saúde pública. Revista do Instituto Adolfo Lutz, v. 72, n. 4, p. 261–267, 25 abr. 2013. Disponível em:

http://revistas.bvs-vet.org.br/rialutz/article/viewFile/22297/23741 .Acesso em: 26 out.2017

HEWITT, R.; HAINAUT, P. Biobanking in a Fast Moving World: An International

Perspective. JNCI Monographs, v. 2011, n. 42, p. 50–51, 1 jun. 2011. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21672898

HIGGINS JPT, GREEN S (editors). Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 [updated March 2011]. The Cochrane Collaboration, 2011. Disponível em: http://handbook.cochrane.org. Acesso em 26 out.2017

HYYSALO, J. et al. Defining an Architecture for Evolving Environments. Proceedings of the Symposium on Applied Computing. Anais...: SAC ’17.New York, NY, USA: ACM, 2017 Disponível em: <http://doi.acm.org/10.1145/3019612.3019902>. Acesso em: 27 out.2017

IZZO, M. et al. A digital repository with an extensible data model for biobanking and

genomic analysis management. BMC Genomics, v. 15, n. 3, p. S3, 6 maio 2014. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4083403/pdf/1471-2164-15-S3-S3.pdf Acesso em: 27 out. 2017

KAYE, J. From single biobanks to international networks: developing e-governance. Human Genetics, v. 130, n. 3, p. 377–382, set. 2011. Disponível em:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3155683/ Acesso em: 27 out. 2017

KIEHNTOPF, M.; KRAWCZAK, M. Biobanking and international interoperability: samples. Human Genetics, v. 130, n. 3, p. 369–376, set. 2011. Disponível em :

https://link.springer.com/content/pdf/10.1007%2Fs00439-011-1068-8.pdf . Acesso em: 26 out.2017

LABLANS, M.; BARTHOLOMÄUS. S.; UCKERT, F. Providing Trust and Interoperability to Federate Distributed Biobanks. User Centred Networked Health Care A. Moen et al.(Eds.)© European Federation for Medical Informatics vol. 169. 2011. Disponível em:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21893827 Acesso em: 10 Jul. 2017

LEE, H. D. et al. Management system prototype of colorectal cancer protocols. Revista

Brasileira de Coloproctologia, v. 31, n. 1, p. 1–7, mar. 2011. Disponível em:

http://www.scielo.br/pdf/rbc/v31n1/v31n1a01.pdf . Acesso em: 26 out. 2017.

LIST, M. et al. Efficient Sample Tracking With OpenLabFramework. Scientific Reports, v.4, p. [4278], 4 mar. 2014. Disponível em: https://doi.org/10.1038/srep04278 Acesso em: 26 out. 2017

LUCENA, S. et al. Modelagem de requisitos baseada em cenários para o Storyboard da

Metodologia para Construção de Objetos de Aprendizagem Interativos. Nuevas Ideas en

Informática Educativa TISE 2014, p. 275–281, 2014. Disponível em:

http://www.tise.cl/volumen10/TISE2014/tise2014_submission_233.pdf. Acesso em: 31 out.2017

MABILE, L. et al. Quantifying the use of bioresources for promoting their sharing in

scientific research. GigaScience, v. 2, n. 1, p. 7, 1 maio 2013. Disponível em:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3655103/ . Acesso em 26 out. 2017

MACHEINER, T.; HUPPERTZ, B.; SARGSYAN, K. Innovative ways for information

transfer in biobanking. Campus-Wide Information Systems, v. 30, n. 5, p. 379–385, 4 nov.2013. Disponível em: https://doi.org/10.1108/CWIS-08-2013-0039. Acesso em: 26 out. 2017.

MARODIN, G. et al. Brazilian guidelines for biorepositories and biobanks of human

biological material. Revista Da Associacao Medica Brasileira (1992), v. 59, n. 1, p. 72–77, fev. 2013. Disponível em: http://www.scielo.br/pdf/ramb/v59n1/en_v59n1a14.pdf Acesso em: 30 out. 2017

MATZKE, E. A. M. et al. Certification for biobanks: the program developed by the Canadian Tumour Repository Network (CTRNet). Biopreservation and Biobanking, v. 10, n. 5, p.426–432, out. 2012. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24845043.Acesso em: 26 out. 2017

MILLS, F. J.; BROOKS, A. Information systems for biobanks/biorepositories: handling

information associated with compliant sample management. Biopreservation and

Biobanking, v. 8, n. 3, p. 163–165, set. 2010. Disponível em:

http://online.liebertpub.com/doi/pdf/10.1089/bio.2010.8310 Acesso em: 30 out. 2017

MORENTE, M. et al. Managing a biobank network. Biopreservation and Biobanking, v.9, n. 2, p. 187–190, jun. 2011. Disponível em:

http://www.redbiobancos.es/pages/docs/bio.2011.pdf Acesso em: 27 out. 2017

NIELSEN, J. Why You Only Need to Test With 5 Users. Jakob Nielsen’s Alertbox, 19 de mar 2000. Disponível em: http://www.useit.com/alertbox/20000319.html. Acesso em: dez.2017.

NUSSBECK, S. Y. et al. How to design biospecimen identifiers and integrate relevant

functionalities into your biospecimen management system. Biopreservation and

Biobanking, v. 12, n. 3, p. 199–205, jun. 2014. Disponível em: https://doi.org/10.1089/bio.2013.0085 Acesso em: 27 out. 2017

NYRÖNEN, T. et al. Delivering ICT infrastructure for biomedical research. ACM

International Conference Proceeding Series, 20 ago. 2012. Disponível em:

http://dl.acm.org/citation.cfm?id=2362006&CFID=978730477&CFTOKEN=87708239

Acesso em: 26 out. 2017.

OLIVEIRA, M. Estabelecimento das condições de armazenamento de amostras biológicas provenientes de estudos clínicos desenvolvidos no Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos Bio-Manguinhos/Fiocruz. 2015. 168 f. Dissertação (Mestrado Profissional em Tecnologia de Imunobiológicos) Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Bio-Manguinhos, Fundação Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde, Rio de Janeiro, 2015.

PARK, O. et al. A Strategic Plan for the Second Phase (2013–2015) of the Korea Biobank Project. Osong Public Health and Research Perspectives, v. 4, n. 2, p. 107–116, abr. 2013. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.phrp.2013.03.006. Acesso em: 27 out. 2017

PAUL, S.; GADE, A.; MALLIPEDDI, S. The State of Cloud-Based Biospecimen and

Biobank Data Management Tools. Biopreservation and Biobanking, v. 15, n. 2, p. 169–172, abr. 2017. Disponível em: http://online.liebertpub.com/doi/pdf/10.1089/bio.2017.0019 Acesso em: 27 out. 2017.

PELAGIO, G.; PISTILLO, D.; MOTTOLESE, M. Minimum biobanking requirements: issues in a comprehensive cancer center biobank. Biopreservation and Biobanking, v. 9, n. 2, p.141–148, jun. 2011. Disponível em: https://doi.org/10.1089/bio.2011.0012 Acesso em: 27 out. 2017.

PORTERI, C.; TOGNI, E.; PASQUALETTI, P. The policies of ethics committees in the

management of biobanks used for research: an Italian survey. European journal of human genetics: EJHG, v. 22, n. 2, p. 260–265, fev. 2014. Disponível em:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3895627/. Acesso em: 27 out. 2017

PROKOSCH, H. U. et al. IT Infrastructure Components for Biobanking. Applied Clinical Informatics, v. 1, n. 4, p. 419–429, 2010. Disponível em:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3633318/Acesso em:26 out. 2017

QUINLAN, P. R. et al. The Informatics Challenges Facing Biobanks: A Perspective from a United Kingdom Biobanking Network. Biopreservation and Biobanking, v. 13, n. 5, p.363–370, out. 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1089/bio.2014.0099 Acesso em:27 out. 2017

ROSSI, E. et al. WebBioBank: A new platform for integrating clinical forms and shared

neurosignal analyses to support multi-centre studies in Parkinson’s Disease. Journal of

Biomedical Informatics, Special Section: Methods in Clinical Research Informatics. v. 52, n.Supplement C, p. 92–104, 1 dez. 2014. Disponível em: https://doi.org/10.1016/j.jbi.2014.08.014

Acesso em: 27 out. 2017

SALGUEIRO, J. Biobancos: uma rede por definição. Filosofia, Saúde e Bioética no

Instituto Oswaldo Cruz: novos desafios do século XXI. (Orgs.) - Porto Alegre, RS: Editora Fi, 198 p. 2016. Disponível em:

http://media.wix.com/ugd/48d206_365d6ba4703f48edb0f9b013cf74f05b.pdf. Acesso em: 10 jul. 2017.

SHATS, O. et al. Thyroid Cancer and Tumor Collaborative Registry (TCCR). Cancer

Informatics, v. 15, p. 73–79, 2016. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4856228/ Acesso em : 27 out. 2017.

SOUZA, P. Biobancos, dados genéticos e proteção jurídico-penal da intimidade. Revista da AMRIGS, Porto Alegre, 56 (3): 268-273 jul.- set. 2012 Disponível em:

http://www.amrigs.com.br/revista/56-03/biobancos.pdf Acesso em: 14 Jul. 2017

SPÄTH, M. B.; GRIMSON, J. Applying the archetype approach to the database of a biobank information management system. International Journal of Medical Informatics, v. 80, n. 3,p. 205–226, mar. 2011. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21131230 Acesso em: 26 out. 2017

TUKACS, E. et al. Model requirements for Biobank Software Systems. Bioinformation, v. 8,n. 6, p. 290–292, 31 mar. 2012. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22493540. Acesso em: 27 out. 2017

WATSON, P. H. et al. A framework for biobank sustainability. Biopreservation and

Biobanking, v. 12, n. 1, p. 60–68, fev. 2014. Disponível em: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24620771 Acesso em: 26 out. 2017

YU, K. et al. Establishment and management of a lung cancer biobank in Eastern China.

Thoracic Cancer, v. 6, n. 1, p. 58–63, Jan. 2015. Disponível em: https://doi.org/10.1111/1759-7714.12144 Acesso em:26 out. 2017